حظي يوسف خلال مشواره الكروي بالعديد من الألقاب جراء مستوياته المتميزة ومن أبرز هذه الألقاب :
 

 
النمر
 

وهو اللقب الأشهر للنجم يوسف الثنيان وأطلق عليه منذ بداياته الكروية وعرف أيضاً بنمر الكرة الآسيوية ولعله اللقب الأنسب.

رجل المهمات الصعبة

لقب أطلقه عليه صاحب السمو الملكي الأمير سلطان بن فهد بن عبدالعزيز آل سعود الرئيس العام لرعاية الشباب بعد نهاية مباراة السعودية والصين الشهيرة في كأس أمم آسيا عام 1996م حيث نزل يوسف الثنيان إلى ارض الملعب وكانت المنتخب السعودي متأخراً بهدفين وبفضل من الله تفوق المنتخب السعودي وبنتيجة كبيرة على غريمه قوامها 4 أهداف مقابل هدفين وسجل منها الثنيان هدفين وكانت الطريق الى نيل كأس أمم آسيا للمرة الثالثة.

الجناح المتسرب

أول لقب أطلق عليه وأطلقه الكاتب الرياضي المغربي الكبير محمد بنيس وذلك خلال منافسات بطولة مجلس التعاون الخليجي الرابعة للأندية والتي أقيمت فعاليتها في الرياض عام 1986م والتي أحرز الهلال لقبها.

الدكتور

لقب أطلقه عليه المعلق والكاتب الرياضي محمد البكر في مباراة الهلال مع فريق ناغويا الياباني في المباراة النهائية على كأس آسيا أبطال الكؤوس عام 1996م والتي أحرز الهلال لقبها بعد تغلبه على خصمه بـ 3/1 وسجل الثنيان هدف التقدم الثاني.

الفيلسوف

أطلق عليه الكاتب الرياضي عادل عصام الدين فيوسف الثنيان له فلسفته الخاصة في تعامله مع الكرة لا من حيث التحكم بها أو بطريقته الخاصة في المراوغة بل أن تسديداته لها بعد وفلسفة خاصة لا يجيدها إلا هو.

F15

لقب ضمن ألقاب عديدة أطلقت عليه ولعل عامل التشبيه بالمقاتلة F15 كان لعامل التشابه بينهما فهو مقاتل على الكرة من طراز نادر بالإضافة إلى سرعته العالية وقدرته على التحكم والمرواغة والمناورة وإصابة الهدف بكل دقة وفوق ذلك يحملان الرقم نفسه.

الباش مهندس

أطلقه عليه مؤخراً المعلق والكاتب الرياضي محمد البكر ولعل الدافع لهذه التسمية دقة رمية للكرة في الوقت والمكان المناسبين

أبويعقوب

من الطبيعي أن من يحمل أسم يوسف يطلق عليه أبو يعقوب إلا أن الثنيان يظل أشهر من كني بأبو يعقوب في المجال الرياضي فما أن تذكر هذه الكنية إلا ويتبادر إلى ذهنك وعلى الفور يوسف الثنيان وكثير من عشاق هذا النجم يحلو لهم أن ينادوه بذلك.